Vụ việc đã khiến cho sự ủng hộ của công chúng Nhật Bản giảm sút nghiêm trọng. Tại Hội nghị nhóm các nhà tư vấn tài trợ cho Việt Nam khai mạc sáng 4 tháng 12 năm 2008, Đại sứ Nhật Bản tại Việt Nam Mitsuo Sakaba cho biết các dự án ODA dự kiến trong nửa đầu năm tài khoá 2008 của Nhật Bản dành cho Việt Nam đã bị tạm dừng lại[15], đồng thời Nhật Bản cũng chưa thể công bố viện trợ mới cho tới khi Ủy ban hỗn hợp phòng chống tham nhũng giữa hai nước xem xét lại việc thực hiện vốn ODA của Nhật tại Việt Nam.

Sự cố ODA nói trên gây ảnh hưởng nặng nề tới nhiều dự án thực hiện bằng nguồn vốn ODA tại Việt Nam.[16]